A mediados de 1778 esta Cofradía tuvo su ermita antigua en el rodeo del Prado de las Carretas. Desde allá se trasladó la imagen a la nueva ermita ubicada a la salida de la Villa, junto al camino que conducía a Jaraíz. Es sin duda alguna la ermita nueva a la que, alrededor de 1738, se alude cuando se habla de la ermita del Cristo de la Misericordia que “se estaba edificando”.

Restos de la antigua Ermita del Cristo 

En el Interrogatorio sobre Pasarón efectuado por la Real Audiencia de Extremadura en 1791  se responde  que  hay en esta Villa otra ermita extramuros de esta Villa en la que se venera la imagen de un Santísimo Cristo Crucificado con título de la Misericordia; goza de un huerto, unos olivos y un moral, todo de corta utilidad y su producto se invierte en reparos de la ermita por medio de la  persona que el Ayuntamiento elige para su aseo y decencia.

La Cofradía del Santísimo Cristo de la Misericordia nace en el año 1902, con treinta y un hermanos y catorce viudas. En concreto, el día veintiuno de septiembre de 1902 se celebró el primer Cabildo General con el fin de aprobar los estatutos, siendo nombrado Mayordomo D. Eugenio Fernández y Diputados D. Eusebio Fernández y D. Manuel Ramos. Como Alcalde de la Cofradía el Mayordomo saliente, D. Rafael Pablos, y Secretario D. Dionisio Fernández. Para el Cabildo Menor o Junta para intervenir en la cuentas, gastos y obras fueron nombrados el Sr. Cura Párroco, D.  Juan Bejarano, y el Hermano entrante D. Eugenio Fernández, el Saliente D.  Rafael Pablo,  D. Fermín Álvarez y D. Manuel  Aguilar.  Como Depositario de alhajas, ropas, dinero del fondo  y limosna se designó  a D. Román Álvarez.

Su instituto era “asistir a los entierros de los cofrades y procesiones del  Santo con un estandarte,  con el “retrato” del Santísimo Cristo de la Misericordia. La víspera del Santísimo se le trae en procesión a la parroquia, se cantan en ella las vísperas, el día misa solemne con sermón y después se  vuelve a su ermita”.